Він був діючим директором і тренером окупаційного футбольного клубу “Фрегат” з Херсона та колишнім тренером клубів МФК “Кристал” Херсон, “Меліоратор” Каховка, “Таврія” Сімферополь та ФК Севастополь” та ін.
Зокрема, після анексії Криму, де він на той час працював як тренер сімферопольської «Таврії», Шевченко залишився у Сімферополі і два роки керував клубом ТСК «Таврія». Після цього він переїхав до Сахаліну.
Повернувшись до України у 2016 році, він очолив “Таврію”, яка була відроджена на території Херсонської області. У 2021 році він тренував херсонський “Кристал” та ФК “Миколаїв”.
Влітку 2022 року в Херсоні Шевченко перейшов та очолив фейковий футбольний клуб під назвою «Фрегат», який створили на базі херсонського «Кристалу». Після деокупації м. Херсон Шевченко поїхав працювати з новим клубом в Крим.
За поданням Херсонської обласної асоціації футболу Сергія Шевченка було позбавлено звання заслуженого працівника фізкультури та спорту України і усіх нагород та довічно дискваліфіковано за співпрацю з окупантами
Сергій Шевченко перебував у лікарні після 4 березня, дня свого народження, сьогодні 23 березня о 6 ранку за місцевим часом він помер, причиною його смерті став інфаркт почки.